《毁灭战士2》的故事紧接着前作展开，玩家被再次带到了一个无名的火星空间内(事实上在毁灭战士小说内被称为Flynn Taggart)，在这里需要闯出一条从这个地狱逃离的路。在Phobos进行了殊死搏斗，并且摧毁了Deimos和整个地狱后，玩家扮演的战士终于回到了地球，但是紧接着发现自己沦为了外星人侵略的一个受害者。

玩家将会在全三维的关卡中穿行(不包括两个秘密关卡)，在途中玩家会知道所有地球劫后余生的人们都被聚集到了一个时空传送带中，玩家必须带领他们冲出禁锢。

游戏内容

你是一个第一流的的海军陆战队战士，训练有素，作战勇猛。三年前你因反抗上司向平民开枪的命令而受审。你的上司绑着石膏去了珍珠港，而你则被送到了火星——联合空间公司(UAC)的总部所在。UAC是星际大公司，在火星及火卫一、火卫二上建有放射废弃物处理厂。你的日常工作枯燥而乏味。过去四年中UAC最大的供应商——军方，一直利用火卫一、火卫二的设施进行各种秘密试验，包括异次元的空间旅行。至今他们已经可以在火卫一和火卫二间建立空间门，将东西从一处传往另一处。但近来空间门变得异常不稳定。进入空间门的军方“自愿者”要么就此无影无踪，要么就变得精神错乱，先是粗言秽语，行为暴力，最后就全身爆裂而死。试验人员不得不整天忙着将尸体拼凑起来送回地球。最新的军方报告却声称研究只是遇到一些小挫折，一切尽在掌握中。

游戏背景

几个小时前，火星接到火卫一传来时断时续的信息。“我们请求立刻支援，一些鬼东西正从空间门中出来，电脑系统也完全失控！”其余部分都完全是语无伦次了。很快，火卫二整个就从天上消失了。以后，再也无法和任何一个卫星联系上了。你和你的作战小队，五千万英里内唯一一支战斗部队，被火速派往火卫一。你的任务是守卫基地周界，而其余的队员进入基地。以后的几个小时中，你的通讯仪里不断传来各种声音：枪响、作战指令、惨叫、骨折，最后，一片寂静。你的战友们似乎已全部阵亡。事情看来不妙，你无法独自一人离开这个星球。此外，所有的重武器都被队友带走，唯独剩下一支手枪。如果你能找到一把等离子枪，哪怕是一把散弹枪，也能乾掉几个敌人啊。屠杀你战友的，无论是什么东西，都该在它脑门上留下几个弹孔。你戴上钢盔，离开了着陆区。希望空间站里什么地方能找到把好点的武器。走进基地大门，你听见远方走廊里传来一阵动物般的嚎叫声。它们已经发现了你，没有回头路了……